Der Auftrag des IPN ist es, durch seine Forschungen die Pädagogik der Naturwissenschaften und der Mathematik weiter zu entwickeln und zu fördern. Die Arbeiten des IPN umfassen Grundlagenforschung in Fragen des Lehrens und Lernens. Die aktuellen pädagogischen Fragestellungen und Projekte werden interdisziplinär in Teams aus Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern der Naturwissenschaften, Mathematik, Fachdidaktiken, Pädagogik und Psychologie bearbeitet.